การใช้งาน e-Tax Invoice นั้นจะมีอยู่ 3 ขั้นตอนใหญ่ๆ คือ

1. การจัดทำเอกสารในรูปแบบอิเล็กทรอนิกส์

ผู้ออกใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์ จะดำเนินการจัดทำคราวหนึ่งคราวใดที่มีการขายสินค้าหรือให้บริการก็ได้ การจักทำใบกำกับภาษีใบเพิ่มหนี้ ใบลดหนี้ และใบรับ เป็นข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ตามหลักเกณฑ์และวิธีการดังนี้    

   1.1 จัดทำข้อมูลโดยมีรายการที่เป็นสาระสำคัญตามที่กฎหมายกำหนด (ตามมาตรา 86/4,86/6,86/9,และ 105 ทวิ แห่งประมวลรัษฎากร)

   1.2 อาจกำหนดให้มีรายการอื่น นอกเหนือจากรายการที่เป็นสาระสำคัญตาม (1.1) ก็ได้

   1.3 นำข้อมูลตาม (1) (2) และใบรับรองอิเล็กทรอนิกส์ (Certificate Authority) มาสร้างลายมือชื่อดิจิทัล  (Digital signature)

   1.4 กรณีจัดทำเอกสารใบเพิ่มหนี้ หรือ ใบลดหนี้ ให้เป็นไปตามคำสั่งกรมสรรพากรที่ ป.80/2542 เรื่องแนวทางปฎิบัติเกี่ยวกับการออกใบเพิ่มหนี้ ตามมาตรา 86/9 และใบลดหนี้ตามมาตรา 86/10 แห่งประมวลรัษฎากร

   1.5 กรณีผู้ประกอบการต้องการยกเลิกใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์เดิม เพื่อออกใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ฉบับใหม่ทดแทน ให้จัดเตรียมใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ฉบับใหม่ โดยให้หมายเหตุการยกเลิกใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ไว้ในรายงานภาษีขายของเดือนภาษีที่จัดทำใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ใหม่ด้วย และนำส่งข้อมูลใบกำกับภาษีอเล็กทรอนิกส์ฉบับใหม่ให้กรมสรรพากร

2. การส่งมอบ

   2.1 วิธีส่งมอบให้ผู้ซื้อสินค้าหรือผู้รับบริการ - ตามวิธีการที่บัญญัติไว้ตามาตรา15,มาตรา 16, มาตรา 17, มาตรา 18, มาตรา 19, มาตรา 20, มาตรา 21, มาตรา 22, มาตรา 23, และมาตรา 24 แห่งพระราชบัญญัติว่าด้วยธุรกรรมทาง อิเล็กทรอนิกส์ พ.ศ.2544

   2.2 วิธีส่งข้อมูลให้กรมสรรพากร - จัดทําข้อมูลให้เป็นไปตามประกาศข้อเสนอแนะมาตรฐานด้านเทคโนโลยีสารสนเทศและการ สื่อสารที่จําเป็นต่อธุรกรรมทางอิเล็กทรอนิกส์ (ETDA Recommendation on ICT standard for Electronic Transaction) รายเดือนภาษีโดยผ่านระบบอิเล็กทรอนิกส์ของกรมฯ ภายในวันที่15ของเดือนภาษีถัดไป และต้องลงลายมือชื่อดิจิทัล (Digital Signature)

กรณีได้จัดทำใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ตามระเบียบนี้แล้ว และสามารถส่งมอบให้แก่ผู้ซื้อสินค้าหรือผู้รับบริการด้วยวิธีการแลกเปลี่ยนข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ แต่ผู้ซื้อสินค้าหรือผู้รับบริการ ไม่ประสงค์รับใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ ให้ผู้ออกใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์จัดพิมพ์ใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ดังกล่าวโดยให้ปรากฎข้อความว่า “เอกสารนี้ได้จัดทำและส่งข้อมูลให้แก่กรมสรรพากร ด้วยวิธีการทางอิเล็กทรอนิกส์” ให้ถือว่าได้มีการส่งมอบใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์ตามระเบียบแล้ว

3. เก็บรักษา

ผู้ประกอบการมีหน้าที่เก็บรักษาใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์ ไว้ในรูปแบบข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ ตามหลักเกณฑ์และวิธีการดังนี้

3.1 ได้เก็บรักษาข้อมูลใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์นั้น โดยสามารถเข้าถึงและนำกลับมาใช้ได้ โดยความหมายไม่เปลี่ยนแปลง

3.2 ได้เก็บรักษาข้อมูลใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์นั้น ให้อยู่ในรูปแบบที่เป็นอยู่ในขณะที่ได้สร้าง ส่ง หรือได้รับข้อมูลนั้น หรือ อยู่ในรูปแบบ ที่สามารถแสดงข้อความที่สร้าง ส่ง หรือได้รับให้ปรากฎอย่างถูกต้องได้

3.3 ได้เก็บรักษาข้อความส่วนที่ระบุถึงแหล่งกำเนิด ต้นทาง และปลายทางของ ใบกำกับภาษีอิเล็กทรอนิกส์และใบรับอิเล็กทรอนิกส์ ตลอดจนวันและเวลาที่ส่งหรือได้รับข้อความดังกล่าว ถ้ามี และต้องเก็บรักษาข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ไว้ตามระยะเวลาที่กฎหมายกำหนด โดยเก็บรักษาไว้ไม่น้อยกว่า 5 ปี แต่ไม่เกิน 7 ปี กรณีอยู่ระหว่างการตรวจสอบภาษีอากรจะต้องเก็บไว้จนกว่าการตรวจสอบภาษีอากรจะแล้วเสร็จ

นอกจากนี้ หากผู้ประกอบการประสงค์จัดทำและจัดเก็บเอกสารหลักฐานอื่นตามที่ประมวลรัษฎากรกำหนดในรูปแบบข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ จะต้องปฏิบัติตามคำสั่งกรมสรรพากรที่ ป.121/2545 เรื่อง การจัดทำและการจัดเก็บเอกสารหลักฐานตามประมวลรัษฎากร ที่มีข้อความอยู่ในรูปแบบของข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ ลงวันที่ 26 ธันวาคม 2545 โดยยื่นคำขอจดแจ้งตามแบบ ภ.อ.11 ผ่านสรรพากรพื้นที่ในท้องที่ที่สำนักงานหรือสถานประกอบการตั้งอยู่ หรือ ผู้อำนวยการกองบริหารภาษีธุรกิจขนาดใหญ่